În perioada feudală, pe ruinele romano-bizantine de la Cap Midia s-a dezvoltat cetatea Zanauarda, ce demonstreza continuitatea locuirii pe teritoriul administrativ actual al orașului Năvodari. Acest lucru indică și o circulație intensă și un schimb activ economic și comercial, folosindu-se căile navigabile marine și scurgerea naturală a lacului Tasaul în mare.
Prima atestare documentară este din timpul administrației otomane, când localitatea apare menționată în anul 1421 cu numele de Caracoium (nume derivat din cuvintele turcești kara și koyum, traduse prin oaia neagră) denumire care a devenit ulterior Carachioi (de la cuvintele turcești kara koy, însemnând „satul negru”).
După obținerea independenței de stat a României în anul 1877, au avut loc schimbări majore în viața social-economică a zonei. În acea perioadă satul Caracoium din plasa Kustenge(Constanța) aparținea la început de comuna Cicârcic (azi, satul Sibioara), apoi de comuna Cogealia (azi, comuna Lumina) figura doar cu 317 familii ce se ocupau cu agricultura, pescuitul, creșterea animalelor și în mai mică măsură cu negustoria și alte meserii.
În anul 1927 denumirea satului Carachioi este schimbata cu aceea de Năvodari, iar după cinci ani, la 15 august 1932, localitatea este recunoscută comună.
Evoluția urbanistică, trecerea de la cadrul rural la structura urbană se produce dupa cel de-al II-lea război mondial, mai cu seamă începând din 1949-1950, moment în care dezvoltarea economică și industrială, transformă localitatea într-un însemnat centru muncitoresc.
În 1954 începe construcția Uzinei de superfosfat și acid sulfuric (U.S.A.S), care a intrat în funcțiune cu prima linie în 1957, aceasta deschizând drumul industrializării zonei și creșterii numărului populatiei (în anul 1968 populația localității Năvodari depășea 6500 de locuitori). Astfel, prin Legea 2/20decembrie 1968, localitatea Năvodari a fost declarată oraș, având în subordine administrativă localitatea Mamaia Sat. Procesul de urbanizare a cunoscut o evoluție continuă, rezultând o imagine cu personalitate a localității.
Construcția Combinatului Petrochimic Midia-Năvodari și ulterior a Canalului Poarta Albă-Midia Năvodari a dus la o explozie demografică în anul 1983, când populația a ajuns la 26.000 locuitori.